Được khởi công xây dựng từ năm 2630 đến năm 2611 trước công nguyên

Khu phức hợp có diện tích 15 ha và lớn gấp 2,5 lần thành phố Heirakonpolis[3], được bao quanh bởi một bờ tường bằng đá vôi, cao khoảng 10,5 mét và dài hơn 1.600 mét[9]. Phức hợp kim tự tháp của Djoser có 13 cánh cửa giả và chỉ có duy nhất một lối vào ở phía đông[10]. Các cửa giả là nơi để linh hồn của vị vua đó có thể bước qua thế giới bên kia. Lối chính để vào rất hẹp, dọc hai bên là những trụ đá để đỡ mái trần bằng đá vôi, cao hơn 6 mét[3]. Giữa mỗi cột là một phòng nhỏ, là đại diện cho 1 tỉnh của Thượng và Hạ Ai Cập[11].

Lối vào dẫn đến một khoảng sân rộng. Bên phải của khoảng sân này khi đi hết lối vào chính là kim tự tháp của Djoser. Bên trái của sân là một phòng mộ, được gọi là Buồng mộ phía nam, được cho là nơi ẩn náu của linh hồn Djoser, xây bằng đá granite. Đây cũng có thể là nơi cất giữ những bình nội tạng của xác ướp, nhưng điều này không mấy phù hợp vì những chiếc bình này luôn được chôn cùng với thi hài của nhà vua[1]. Một cầu thang dẫn xuống dưới 3 căn phòng sơn màu xanh dương[11], một trong 3 phòng là nơi chứa những tấm bia đá khắc họa về ông[3]. Nhiều bằng chứng cho thấy, ngôi mộ này đã được hoàn thành trước cả lăng mộ chính của Djoser.

Kim tự tháp của Djoser được xây theo hình vuông, trong khi hầu hết tất cả các ngôi mộ theo phong cách mastaba thường là hình chữ nhật, do đó có thể từ đầu, Imhotep đã lên kế hoạch xây một kim tự tháp bậc thang[11][12]. Jean-Philippe Lauer tin rằng phải trải qua 6 công đoạn thì ngôi mộ mới được xây xong. Khoảng 1 năm sau đó thì các công nhân sẽ trát vôi trắng lên kim tự tháp.